De geschiedenis van de haven van Terneuzen hangt nauw samen met de ontwikkelingen in het havengebied van Gent. Het ontstaan van Ter Nose, het huidige Terneuzen, vond plaats rond 1300.

Ontwikkelingen havengebied Gent
In de 16e eeuw stond Antwerpen centraal in de internationale handel. Omdat Gent de economische aansluiting niet wilde missen, werd er naar een nieuwe verbinding met de Westerschelde gezocht. Het nieuwe kanaal, de Sassevaart, verbond Gent met de Braakman. De aanleg van deze nieuwe waterweg betekende het ontstaan van het plaatsje Sas van Gent.

Vanwege de vele inpolderingen in het Braakmangebied, werd de Sassevaart steeds minder bruikbaar en uiteindelijk veranderde het kanaal in een verwaarloosde slijkerige geul. Om het economische verval van Gent te beperken, besloot Gent een nieuwe verbinding met zee te graven. Dit werd de Brugse Vaart, een kanaal tussen Brugge en Gent. Tijdens de tweede helft van de achttiende eeuw, bloeide Gent als nooit tevoren. Door de toenemende industrie had Gent behoefte aan een nieuwe verbinding met zee. Deze verbinding werd weer in de noordelijke richting gezocht.

Het kanaal tussen Terneuzen en Sas van Gent
Koning Willem I zag het belang van Gent in en stemde in met en nieuwe verbinding tussen Gent en Terneuzen. De oude Sassevaart werd verdiept en verbreed. Tussen Sas van Gent en Terneuzen werd een kanaal gegraven van 13 kilometer lang. Vanwege het grote aantal schepen en de vele lijndiensten die op Gent voeren, was het noodzakelijk dat het kanaal werd verruimd. Na verruiming bedroeg de diepgang 6,5 meter. Tevens werden enkele hinderlijke bochten aangepast. Bij Sas van Gent werd een nieuwe kanaalarm en een nieuwe schutsluis gebouwd.

Door de steeds grotere afmetingen van de zeeschepen en de overgang van zeilschepen naar stoomschepen, konden aanpassingen niet lang meer uitblijven. België en Nederland besloten tot de bouw van een nieuwe schutsluis in Terneuzen en tot een nieuwe draaibrug bij Sluiskil. Deze sluis is tegenwoordig nog in gebruik als middensluis. Bij Sas van Gent werd een derde kanaalarm aangelegd en werd er een nieuwe sluis gebouwd. Bovendien werd het kanaal geheel verdiept, zodat een doorgang van 8 meter mogelijk was.

De bedrijvigheid in Terneuzen
De haven van Terneuzen begon zich pas te ontwikkelen na de aanleg van twee spoorlijnen, te weten Gent-Terneuzen (1869) en Mechelen-Terneuzen (1871).Omdat Terneuzen de eindbestemming was van deze twee treinen, werd het plaatsje aantrekkelijk voor allerlei op- en overslagbedrijven. Een aantal bedrijven die zich in deze tijd hier vestigden: scheeps- en douaneagentschap De Meijer, NV De Hoop en de Terneuzense Scheepsbouw Maatschappij.
Ondertussen nam ook de bedrijvigheid in de havens van Sluiskil en Sas van Gent toe. In Sas van Gent vond zelfs de eerste industrialisatie plaats van Zeeland. In 1872 werd in Sas van Gent de eerste suikerfabriek van Nederland gebouwd. In 1912 vestigde zich ook een stijfsel- en glucosefabriek (nu Cerestar). In Sluiskil vestigde zich de eerste cokesfabriek van Nederland.

Na de tweede wereldoorlog raakte de havenontwikkeling langs het kanaal van Gent naar Terneuzen in een stroomversnelling. Daarvoor zijn twee oorzaken op te noemen. Allereerst werd Terneuzen aangewezen als groeigemeente. Hierdoor kon zij met subsidies het aantrekken van nieuwe industrie bevorderen. Bedrijven waaronder Philips, Ovet, Elopak, Air Products en Broomchemie, vestigden zich in het gebied. De komst van Dow in het jaar 1963, bracht voor de regio veel welvaart met zich mee. De tweede oorzaak van de explosieve groei is de verbreding en de verdieping van het kanaal. Ook kwamen er twee nieuwe sluizen, één voor de binnenvaart en één voor de zeevaart.

De jaren daarop werden de kanaalhavens verlengd en verruimd, waaronder de Zuiderkanaalhaven, de Zevenaarhaven en de Axelse Vlaktehaven. In 1975 werd de Massagoedhaven aangelegd. De Braakmanhaven werd in 1978 aangelegd. Deze haven heeft een open verbinding met de Westerschelde. Dow Benelux BV heeft zich hier als eerste gevestigd.